Der Nationalpark Galapagos umfasst 97% der Gesamtfläche des Archipels: die verbleibenden 3% sind bewohnte Gebiete auf den Inseln Santa Cruz, San Cristóbal, Isabela und Floreana sowie der Flughafen auf der Insel Baltra.
Von Strömungen und Winden übers Meer getrieben entstand in Jahrmillionen eine Tier- und Pflanzenwelt, die sich den hier herrschenden Bedingungen anpassen konnte, von Insel zu Insel unterschiedlich. So gibt es, wenn auch insgesamt relativ wenig Artenvielfalt, ein enorm hohes Maß an Endemismus.
Die Inseln bilden den ältesten Nationalpark in Ecuador und wurden 1959 mit dem Ziel gegründet, die einzigartige Flora und Fauna in dieser außergewöhnlichen Landschaft zu erhalten und für weitere Generationen zu bewahren. Sie gehören zum Weltnaturerbe der UNESCO.
Gefahren für das fragile Ökosystem Galapagos gibt es vielerlei: Die unkontrollierte Einführung fremder Tierarten, wie z.B. Esel, Ziegen, Hunde, Katzen, Ratten, etc. im 19. und in der ersten Hälfte des 20. Jh sowie auch die unkontrollierte Jagd bedrohten viele der hier heimischen Arten vom Aussterben. Die Riesenschildkröten z.B. waren stets eine leichte Beute für Seefahrer, zudem äußerst nützlich als lebendiger Nahrungsvorrat an Bord. Dies führte zur Dezimierung des Schildkröten Bestandes auf den unterschiedlichen Inseln und teils zum Aussterben einiger Unterarten. Die massive Fischerei, die auch heute hier immer wieder illegal betrieben wird, war und ist ein großes Problem, ist doch der Reichtum der Meerestiere Grundlage für das Leben der meisten hier vorkommenden Tierarten.
Eine strenge Kontrolle seitens der Nationalparkverwaltung der landwirtschaftlichen und fischereilichen Nutzung, aber auch der touristischen Aktivitäten, ist somit unabdingbar, um diesen einmaligen Naturraum zu erhalten.
Besucher können sich auf den vier bewohnten Inseln eingeschränkt frei bewegen. Für die anderen Inseln gibt es nur wenige Zugangspunkte und Rundwege, zu denen man meist nur auf einer Kreuzfahrt gelangt und sich auch nur in Begleitung eines Nationalpark Führers und in der Gruppe bewegen darf.
Die Gewässer rund um die Inselwelt bilden den Lebensraum für über 3.000 Meerestiere und Pflanzen. Die Galápagos Inseln sind ein Paradies für Taucher!